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K-562
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新的DNA序列设计方法LOCOGEN保护基序，提高鲁棒性
研究人员开发了LOCOGEN，一种用于设计具有改进鲁棒性和特异性的监管DNA序列的新方法。与先前将引导视为均匀幅度调整的方法不同，LOCOGEN认识到DNA语法的空间非均匀性。它保护关键基序位置免受扰动，同时允许在背景区域进行更多探索，从而更好地满足属性、新颖性和合理性目标。该方法在采样时作用于冻结的扩散模型骨干，无需重新训练。
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Stable-Shift 方法利用生物学背景预测基因反应
研究人员开发了 Stable-Shift，一种预测基因表达如何响应基因扰动的新方法，即使对于训练期间未见的基因也是如此。该方法利用图卷积整合了各种生物学背景，包括蛋白质-蛋白质相互作用和基因注释。在 K562 Perturb-seq 数据上的基准测试中，Stable-Shift 在预测基因反应方面优于 GEARS 等现有方法，展示了其在减少功能基因组学实验负担方面的潜力。