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新型AI模型ProtLiD^2通过配体条件增强蛋白质设计

研究人员开发了ProtLiD^2，这是一种新颖的离散扩散模型，用于蛋白质序列-结构协同设计，并明确整合了配体信息。该模型生成氨基酸序列和离散结构标记，利用几何感知交叉注意力整合配体化学和几何数据。ProtLiD^2在超过一百万个配体-蛋白质复合物上进行训练，在蛋白质设计指标方面表现出显著的改进，包括全局折叠置信度和活性位点准确性，优于Complexa、FAIR和PocketGen等现有方法。