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English(EN) HD-Prot: A Protein Language Model for Joint Sequence-Structure Modeling with Continuous Structure Tokens

新型蛋白质语言模型增强分子动力学和设计

研究人员正在开发先进的蛋白质语言模型(pLMs),以改进分子动力学模拟和蛋白质设计。一种名为 PLaTITO 的方法整合了蛋白质语言模型嵌入,以增强可转移隐式转移算子在分子动力学中的泛化能力,在分布外蛋白质系统上表现出最先进的性能。另一个模型 HD-Prot 在混合扩散框架内使用连续结构令牌来联合建模蛋白质序列和结构,以更少的计算资源实现了具有竞争力的结果。此外,一项研究正在探索 PLMs 的内部表示,分析它们如何编码结构特征,并确定结构保真度在模型最终层之前达到峰值。 AI

影响 蛋白质语言模型的进步可以通过提高模拟精度和设计能力来加速药物发现和蛋白质工程。

排序理由 多篇研究论文详细介绍了蛋白质语言模型的新模型和分析技术。

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AI 生成摘要 · Google Gemini · 来自 3 个来源。 我们如何撰写摘要 →

报道来源 [3]

  1. arXiv cs.LG TIER_1 English(EN) · Panagiotis Antoniadis, Beatrice Pavesi, Simon Olsson, Ole Winther ·

    蛋白质语言模型嵌入提高了隐式传递算子的泛化能力

    arXiv:2602.11216v2 Announce Type: replace Abstract: Molecular dynamics (MD) is a central computational tool in physics, chemistry, and biology, enabling quantitative prediction of experimental observables as expectations over high-dimensional molecular distributions such as Boltz…

  2. arXiv cs.AI TIER_1 English(EN) · Yi Zhou, Haohao Qu, Yunqing Liu, Shanru Lin, Le Song, Wenqi Fan ·

    HD-Prot:用于联合序列-结构建模的蛋白质语言模型,具有连续结构标记

    arXiv:2512.15133v2 Announce Type: replace-cross Abstract: Proteins inherently possess a consistent sequence-structure duality. The abundance of protein sequence data, which can be readily represented as discrete tokens, has driven fruitful developments in protein language models …

  3. arXiv cs.LG TIER_1 English(EN) · Kosio Beshkov, Anders Malthe-S{\o}renssen ·

    理解蛋白质语言模型中表示形状的途径

    arXiv:2509.24895v2 Announce Type: replace Abstract: While protein language models (PLMs) are one of the most promising avenues of research for future de novo protein design, the way in which they transform sequences to hidden representations, as well as the information encoded in…