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English(EN) Supporting Workflow Reproducibility by Linking Bioinformatics Tools across Papers and Executable Code

新系统将论文中的生物信息学工具链接到代码以实现可复现性

作者 PulseAugur 编辑部 · [1 个来源] ·

研究人员开发了 CoPaLink，这是一个旨在提高生物信息学工作流可复现性的自动化系统。该方法将科学论文中提到的生物信息学工具与其对应的可执行代码链接起来。CoPaLink 集成了科学文本和代码的命名实体识别，以及基于词嵌入相似度的实体解析，在 Nextflow 工作流上实现了 66% 的联合准确率。 AI

影响 这项研究可以提高科学研究中计算工作流的透明度和可重用性。

排序理由 该集群包含一篇学术论文，详细介绍了一种将代码与科学文本链接的新方法。[lever_c_demoted from research: ic=1 ai=1.0]

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新系统将论文中的生物信息学工具链接到代码以实现可复现性

报道来源 [1]

  1. arXiv cs.CL TIER_1 English(EN) · Cl\'emence Sebe, Olivier Ferret, Aur\'elie N\'ev\'eol, Mahdi Esmailoghli, Ulf Leser, Sarah Cohen-Boulakia ·

    通过链接论文和可执行代码中的生物信息学工具来支持工作流的可复现性

    arXiv:2603.08195v2 Announce Type: replace Abstract: Motivation: The rapid growth of biological data has intensified the need for transparent, reproducible, and well-documented computational workflows. The ability to clearly connect the steps of a workflow in the code with their d…

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