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ubiquitin
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AlphaFold2权重揭示隐藏的蛋白质折叠景观，研究发现
一项新研究提出，AlphaFold2（一种蛋白质结构预测模型）中的参数不仅能将序列转换为结构，还能编码复杂的蛋白质构象景观。研究人员发现，通过一种称为神经光谱学的技术分析这些参数，可以揭示这些隐藏的组织结构。这种非显式训练目标的涌现特性表明，AlphaFold2的权重包含了超越静态结构预测的结构约束，可能为药物设计提供新途径。
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新方法使用SDP算法计算蛋白质自由能密度
研究人员开发了一种新方法，通过将其构建为非平衡约束满足问题来计算蛋白质的自由能密度。该方法利用一种多项式时间半定规划（SDP）算法来探索替代的骨架构象，并识别蛋白质（如泛素）中的柔性区域，同时保持其天然二级结构。