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Protein sequences & data analysis
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自然语言处理技术应用于生物序列分析的回顾
一篇最新的综述文章探讨了自然语言处理（NLP）技术在分析基因组学、转录组学和蛋白质组学等生物序列数据中的应用。文章详细介绍了从word2vec到先进的transformer和hyena operator模型等各种NLP方法如何应用于DNA、RNA和蛋白质序列分析。文章还讨论了分词策略、模型架构以及在预测蛋白质结构、基因表达和进化关系方面的最新进展。文章强调，将NLP整合到生物信息学中是理解复杂生物过程的一个有前景的方向。
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新的无训练方法可从小型比对生成新颖的蛋白质序列
研究人员开发了一种名为随机注意力（SA）的新型无训练方法，用于从小型比对家族生成蛋白质序列。与需要大量数据的传统深度学习模型不同，SA利用Hopfield能量模型和Langevin动力学进行采样，无需GPU或预训练。该方法在各种蛋白质家族中都取得了成功，生成的序列具有低组成发散度、新颖性和结构合理性，优于现有的Profile HMM和MSA Transformer等方法。SA能够从种子比对自动运行，并获得独立语言模型的有利评分，使其成…