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protein-protein interaction
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新的MKGR框架增强了冷启动蛋白质相互作用预测能力
研究人员开发了MKGR，一个新颖的多模态表示学习框架，旨在改进蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的预测，特别是在冷启动场景下，即候选蛋白质在训练期间缺乏已观察到的相互作用。MKGR整合了区域感知蛋白质序列编码与四个生物医学知识图谱——蛋白质-药物、蛋白质-疾病、蛋白质-miRNA和蛋白质-lncRNA关联。该框架采用图注意力编码器从稀疏的生物医学数据中学习蛋白质嵌入，并使用桥接重构目标来正则化图学习。实验表明，MKGR在各种性能指标上始…
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Protein Thoughts 框架通过可解释信号增强 PPI 发现
研究人员开发了一个名为 Protein Thoughts 的新框架，以改进蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 的发现。该系统将结合证据分解为四个不同的生物信号：序列相似性、结构互补性、界面平衡和化学相容性。通过保留这些单独的信号，Protein Thoughts 提供了一种透明的方法来对潜在相互作用进行排名和审计，超越了不透明的评分系统。该框架利用了假设驱动的思维之树搜索和微调的语言模型来有效地探索候选空间并指导搜索过程。