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Pranam Chatterjee
Pranam Chatterjee
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AlloGen框架设计对特定构象具有选择性的蛋白质结合物
研究人员开发了AlloGen，一个用于设计对特定构象状态具有选择性的蛋白质结合物的新型框架。该方法将骨架生成与学习到的状态选择性评分器解耦，使其能够与现有生成器集成。AlloGen已在各种蛋白质家族中取得成功，识别出优先识别所需结构状态并拒绝其他状态的结合物。对钙调蛋白的实验验证证实，这些计算设计可以转化为具有状态选择性结合特性的物理分子。
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AI框架mRNAutilus优化治疗性mRNA设计
研究人员开发了mRNAutilus，一个用于设计治疗性mRNA序列的新框架。该系统使用掩码离散扩散模型结合蒙特卡洛树搜索来同时优化密码子使用和未翻译区域等多个功能目标。与以往分别设计这些组件的方法不同，mRNAutilus在一个优化的过程中生成完整的转录本。该框架在蛋白质表达方面为各种应用展示了显著的改进，其性能优于现有的商业和机器学习设计的构建体。