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PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or generalise to novel sequences
PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or generalise to novel sequences
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新的谐波扭转扩散框架增强了蛋白质-配体对接
研究人员开发了 Harmony，一个用于蛋白质-配体柔性对接的新框架，该框架明确考虑了角度变量的周期性几何。与使用通用欧几里得头的先前基于扩散的模型不同，Harmony 使用在圆上学习到的谐波势来参数化扭转得分场。这种方法为旋转异构体运动引入了频率感知归纳偏置，从而在 PDBBind 基准测试中提高了配体姿态准确性和口袋重建。Harmony 还增强了 PoseBusters 数据集上生成的复合物的物理有效性，并已在 EBNA1 和 K…
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New DeCAF framework speeds up biomolecular structure generation
研究人员开发了一个名为 DeCAF 的新框架，以加速生成 3D 生物分子结构的过程。该方法将现有的全原子共折叠模型提炼成更有效的流图，显著降低了计算成本和推理时间。与之前的基于扩散的模型相比，DeCAF 在预测蛋白质-配体姿态方面表现出更高的准确性和物理有效性，同时使用的计算步骤更少。