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Phyloformer 2
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新的生成模型提高了系统发育推断的准确性
研究人员开发了一系列新的条件生成模型用于系统发育树推断，通过复杂的进化模型解决了传统方法的局限性。这些模型使用离散扩散迭代构建树，并能表示复杂的后验分布。在最多包含65个分类单元的数据集测试中，新模型显示出比先前最先进的基于模拟的方法Phyloformer 2更高的准确性，在简单数据上与传统方法相当，但在更真实的进化场景中表现优于它们。
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新的热带轴向注意力架构增强了系统发育树推断
研究人员开发了一种名为热带轴向注意力（Tropical Axial Attention）的新型神经网络架构，它用最大加（max-plus）算子取代了标准的 softmax 点积注意力。这种方法会产生一个分段线性的结构，与动态规划方法一致，使其适用于系统发育树推断。该模型从序列比对中学习成对距离，并使用 L1 和热带对称距离度量损失的组合进行训练，并增加了对超度量违反的惩罚。在 DS1-DS11 比对上的实证测试显示，与 Phylofo…