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Phenix
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CryoAtlas 数据集和基准推动冷冻电镜原子模型构建
研究人员推出了 CryoAtlas，这是一个旨在推进冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 原子模型构建的综合数据集和基准。该资源整合并筛选了电子显微镜数据库 (Electron Microscopy Data Bank) 和蛋白质数据库 (Protein Data Bank) 中的大量条目，创建了一个包含超过 16,000 个条目的训练集和 618 个目标的基准。CryoAtlas 旨在通过评估结构准确性、模型与图谱的匹配度以及立体化学…
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PhenixCraft 流程使用 AlphaFold 增强冷冻电镜密度图分割
研究人员开发了 PhenixCraft，这是一个旨在改进从冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 密度图中构建原子模型的自动化流程。该新方法集成了 AlphaFold 的预测，以增强现有 Phenix 软件中的密度图分割步骤。该流程旨在克服噪声和伪影带来的挑战，与传统的 Phenix 模型构建相比，在 TM 分数和序列准确性方面表现出改进的性能。