English(EN) VenusGenome: Genome-Aware Masked Autoencoding for Microbial Genome Representation Learning

VenusGenome 模型推进微生物基因组表示学习

作者 PulseAugur 编辑部 · [1 个来源] · 2026-11-05 05:00

研究人员开发了 VenusGenome，这是一种新颖的基因分辨率掩码自编码器，用于微生物基因组表示学习。该模型结合了基因组感知的注意力机制，以区分生物学关系和组装约定，利用了 contig 边界、相对链方向和基因位置。VenusGenome 在超过 170 万个微生物基因组组装上进行了预训练，在基因组级别表型预测和基因级别任务的十一个主要指标中的九个上取得了优于 BERT 风格模型的性能。 AI

影响推进了微生物基因组的表示学习，可能改进功能预测和适应性缺陷分析。

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arXiv cs.AI TIER_1 English(EN) · Zhang Liang, Zhang Yukun, Tan Yang, Jiang Fan, Zhong Bozitao, Cheng Xiaoran, Hong Liang, Li Mingchen, Yu Yuanxi · 2026-11-05 05:00

VenusGenome：基因组感知掩码自编码用于微生物基因组表示学习

arXiv:2611.05405v1 Announce Type: cross Abstract: Genomic-context models have shown that contextualizing protein embeddings can improve predictions of microbial function. We observe that a gene's protein embedding is partially predictable from the embeddings of neighboring genes …

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VenusGenome：基因组感知掩码自编码用于微生物基因组表示学习

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